وتتعلّق المواد، بحظر الطعن على الأحكام الصادرة من القضايا التي تنظرها محاكم أمن الدولة طوارئ بمختلف درجاتها، واستمرار نظر القضايا المحالة لتلك المحاكم أمامها حتى بعد انقضاء حالة الطوارئ، وعدم اكتساب الأحكام الصادرة بعد انقضاء حالة الطوارئ صفة النهائية إلا بعد التصديق من رئيس الجمهورية.
فقررت المحكمة إحالة المادة 12 التي تنصّ على أنّه "لا يجوز الطعن بأي وجه من الوجوه فى الأحكام الصادرة من محاكم أمن الدولة، ولا تكون هذه الأحكام نهائية إلا بعد التصديق عليها من رئيس الجمهورية".
والمادة الثانية المرسلة هي المادة 19، والتي تنصّ على أنّه "عند انتهاء حالة الطوارئ تظل محاكم أمن الدولة المختصة بنظر القضايا التي تكون محالة عليها، وتتابع نظرها وفقاً للإجراءات المتبعة أمامها. أما الجرائم التي لا يكون المتهمون فيها قد قدموا إلى المحاكم، فتحال إلى المحاكم العادية المختصة، وتتبع في شأنها الإجراءات المعمول بها أمامها".
أما الثالثة فهي المادة 20، والتي تنصّ على أنّه "يسري حكم الفقرة الأولى من المادة السابقة، على القضايا التى يقرر رئيس الجمهورية إعادة المحاكمة فيها، طبقاً لأحكام هذا القانون. ويبقى لرئيس الجمهورية كافة السلطات المقررة له، بموجب القانون المذكور، بالنسبة للأحكام التي تكون قد صدرت من محاكم أمن الدولة، قبل إلغاء حالة الطوارئ، ولم يتم التصديق عليها والأحكام التي تصدر من هذه المحاكم، طبقاً لما تقرّره هذه المادة والمادة السابقة".
وقالت المحكمة، في حيثيات قرار الإحالة، إنّ غلق باب الطعن أمام المدانين في الأحكام الصادرة من محاكم أمن الدولة طوارئ، مخالف لحق الطعن المقرّر دستورياً، ويتناقض مع مبادئ استقلال القضاء، وحق التقاضي على درجتين على الأقل.
وأوضحت المحكمة، أنّها ترى شبهة "عدم دستورية"، في استمرار نظر محاكم أمن الدولة، للقضايا التي كانت قد أُحيلت إليها حتى بعد رفع حالة الطوارئ، وكذلك حرمان المتهمين الذين كانوا غائبين عن نظر القضية، خلال حالة الطوارئ، من المثول أمام قاضيهم الطبيعي، بعد رفعها.
وصدر الحكم، في القضية الخاصة بإعادة محاكمة بعض المتهمين، في القضية المعروفة باسم "خلية الزيتون"، والذين مثلوا أمام محكمة جنايات منعقدة بهيئة محكمة أمن دولة طوارئ، خلال العامين الماضيين، رغم عدم إعلان حالة الطوارئ في تلك الفترة، بحجة أنّ القضية نفسها كانت قد أُحيلت إلى محكمة أمن الدولة طوارئ، أثناء سريان حالة الطوارئ، قبل ثورة 25 يناير/ كانون الثاني 2011.
ورغم رفع حالة الطوارئ، في 25 يناير/ كانون الثاني 2012، بقرار من المجلس الأعلى للقوات المسلحة، استمرّت محاكم أمن الدولة طوارئ منعقدة، لاستكمال القضايا المنظورة أمامها، كما عُرض عليها المتهمون الذين كانوا هاربين ثم تمّ القبض عليهم.