وكان الخضيري قد اعتقل في الإسكندرية في نوفمبر/ تشرين الثاني 2013 على خلفية معارضته انقلاب 3 يوليو/ تموز من ذلك العام، ثم وجهت إليه تهمة القبض على محامٍ واحتجازه لمدة ثلاثة أيام وتعذيبه وهتك عرضه وصعقه بالكهرباء داخل مقر إحدى شركات السياحة بميدان التحرير خلال ثورة 25 يناير، وتم التحقيق في هذه القضية وحوكم فيها إلى أن صدر حكم نهائي وبات بسجنه 3 سنوات.
وفي أكتوبر/ تشرين الأول 2018 أيّدت محكمة النقض حكم الجنايات الصادر في نهاية 2017 بسجن الخضيري 3 سنوات أخرى في القضية المعروفة إعلامياً بـ"إهانة القضاء"، والتي وجهت إليه فيها اتهامات بالإساءة للقضاة من خلال التعرض له في أثناء جلسات مجلس الشعب، رغم تمتعه بحصانة برلمانية وقت ارتكاب الجريمة المزعومة.
وعانى الخضيري في سجنه الذي استمر 6 سنوات وأسبوعاً من تفاقم الأمراض المزمنة التي كان مصاباً بها، ورغم حسن سلوكه في السجن وشيخوخته لم توافق السلطة المصرية على الإفراج عنه بنصف أو ثلثي المدة، مما أثار حنق وانتقاد العديد من المنظمات الدولية التي أبرزت حالته الإنسانية.
ويعد الخضيري أحد رموز حركة "تيار الاستقلال" في مصر، التي طالبت باستقلال السلطة القضائية عن السلطة التنفيذية، وقد تخرج من كلية الحقوق جامعة عين شمس، وتدرج في المناصب حتى انتخب رئيساً لنادي قضاة الإسكندرية عام 2004، كما شغل منصب رئيس لجنة الشؤون التشريعية في مجلس الشعب السابق.
وعانى الخضيري من تدهور كبير في حالته الصحية بسبب منع الأدوية عنه داخل السجن، وعدم تلقيه الرعاية الطبية اللازمة، بالرغم من معاناته من عدم الرؤية جيداً، وآلام شديدة في ركبتيه تعجزه عن السير أو الوقوف إلا بمساعدة الآخرين، بالإضافة إلى أمراض ارتفاع ضغط الدم، وعدم انتظام ضربات القلب، وهي أمراض مزمنة تستلزم حصوله على أدوية يومية بشكل منتظم.
وأسس الخضيري حركة "مصريون من أجل انتخابات حرة ونزيهة"، لمراقبة الانتخابات البرلمانية التي جرت في عام 2010، والتي كان ما شهدته من "تزوير ممنهج" لصالح مرشحي "الحزب الوطني" المنحل أحد أسباب اندلاع ثورة 25 يناير/ كانون الثاني 2011، والتي أطاحت الرئيس المخلوع حسني مبارك.
وكانت محكمة جنايات القاهرة قد قضت على 20 متهماً، من بينهم الخضيري، بالسجن لمدة ثلاث سنوات، وهم: الرئيس الراحل محمد مرسي، والناشط المختفي قسرياً مصطفى النجار، ورئيس مجلس الشعب السابق سعد الكتاتني، بالإضافة إلى عصام سلطان، ومحمد البلتاجي، وصبحي صالح، ومحمد العمدة، ومحمد منيب، وحمدي الفخراني، وممدوح إسماعيل، ومنتصر الزيات، وعبد الحليم قنديل، وآخرين.