يقدم خليل على أنه أبرز الشخصيات التكنوقراط والمقربة من بوتفليقة. كما يوصف بأنه المدبر الأول لقانون المحروقات المثير الذي وافق عليه بوتفليقة والبرلمان عام 2005، قبل أن يتراجع عنه بوتفليقة في السنة المالية بعد زيارة قام بها الرئيس الفنزويلي الراحل هوغو تشافيز إلى الجزائر.
يومها حذر تشافيز بوتفليقة من مخاطر هذا القانون على الجزائر وفتحه الباب أمام الشركات الأجنبية المتعددة الجنسيات للهيمنة على النفط الجزائري، إذ تضمن القانون فتح باب الاستثمارات النفطية أمام الشركات الأجنبية بنسب مساهمة مطلقة.
في فبراير/شباط 2013، كان جهاز المخابرات الجزائرية ينقل إلى بوتفليقة معلومات بشأن شبكة تستفيد من عمولات ورشى في صفقات تعقد بين شركة النفط الحكومية سوناطراك وشركات نفطية أجنبية. وفي الشهر نفسه، قرر بوتفليقة إقالة خليل من منصبه كوزير للطاقة، قبل أن يغادر الأخير البلاد في 28 مارس/آذار 2013 إلى الولايات المتحدة الأميركية.
وفي أغسطس/آب من العام نفسه، كان النائب العام لمجلس قضاء الجزائر يعلن في مؤتمر صحافي عن الكشف عن شبكة فساد ورشى وعمولات، متورط فيها خليل وزوجته نجاة عرفات، واثنان من أبنائه، إضافة إلى متهمين آخرين بينهم نجل شقيق وزير الخارجية الجزائري الأسبق محمد بجاوي ومسؤولين في شركة النفط. يومها أعلن النائب العام عن إصدار مذكرة توقيف دولية في حق خليل وزوجته ونجليه. لكن تطورات مثيرة عرفتها القضية، إذ بدأ جناح محسوب على بوتفليقة يردد أن القضية بحق خليل ملفقة من قبل جهاز المخابرات وموجهة ضد الرئيس عبر المساس بأبرز الوزراء المقربين منه. وكان ذلك بداية الحسم في الصراع القائم بين بوتفليقة وجهاز المخابرات انتهى إلى إقالة بوتفليقة لقائد الجهاز الفريق محمد مدين في 13 سبتمبر/أيلول 2015، ما فتح الباب أمام عودة خليل من واشنطن وبدء تردد اسمه كأبرز المرشحين المحتلمين لوراثة بوتفليقة سياسياً.