وعلى الرغم من استمرار التحقيقات، إلا أنّ ألغاز الحادثة لا تزال معلّقة، ولم يتم التوصل إلى أسماء المنفذين والكشف عن طريقة زرع القنبلة على متن الطائرة التابعة لشركة "كوغاليم آفيا" (اسمها التجاري "مترو جيت")، التي كانت متجهة من شرم الشيخ إلى سانت بطرسبورغ، إلى أن تم فقدان الاتصال بها بعد 23 دقيقة من إقلاعها يوم 31 أكتوبر/ تشرين الأول 2015.
وعشية الذكرى الثانية للكارثة، تقدّمت عائلات الضحايا إلى وزير الخارجية الروسي، سيرغي لافروف، بطلب بعدم استئناف الرحلات الجوية إلى مصر لحين انتهاء التحقيق.
ونقلت وكالة "ريغنوم" الروسية عن أحد ذوي الضحايا قوله: "هناك أشخاص متورطون. لا يتعلق التحقيق بما حدث للطائرة والركاب فحسب، بل أيضا بما جرى في المطار. يقلقنا أنه لم تتوفر المعلومات من الجانب المصري".
وفي الأيام الأولى على الكارثة أثيرت روايات كثيرة لوقوعها بين سوء حالة الطائرة التي سبق لها أن تعرضت لحادثة "ضربة الذيل" في مطار القاهرة عام 2001، وإصابتها بصاروخ نظرا لتحليقها فوق سيناء، التي كانت تشهد مواجهات بين قوات الجيش المصري والمسلحين، وزرع قنبلة داخل الطائرة، خاصة وأن حطامها تشتت على مسافة 13 كيلومترا.
وجاء تعليق بريطانيا الرحلات إلى شرم الشيخ، واستعجال روسيا في تطبيق حظر الرحلات الجوية إلى جميع المطارات المصرية، مؤشراً على توفر معلومات موثوق بها لدى الأجهزة الأمنية بتعرض الطائرة لانفجار.
وفي 17 نوفمبر/تشرين الثاني 2015، أعلن رئيس جهاز الأمن الفدرالي الروسي، ألكسندر بورتنيكوف، عن اكتشاف آثار لمادة متفجرة في حطام الطائرة المنكوبة، مؤكداً أنه "يمكن الجزم أن ذلك عمل إرهابي" ناجم عن انفجار قنبلة يدوية الصنع بقوة تصل إلى 1 كيلوغرام من مادة "تي إن تي".
ووعد الأمن الروسي بمنح مكافأة قدرها 50 مليون دولار مقابل معلومات تساعد في توقيف الجناة.
ونشر "العربي الجديد" في وقت سابق أن وفدًا أمنيًا روسيًا وصل إلى القاهرة، في 24 يوليو/ تموز 2017، لمراقبة إجراءات الأمن في مطار القاهرة الدولي.
وكانت السلطات المصرية قد رفضت، في وقت سابق، طلبًا روسيًا للإشراف على إجراءات الأمن بالمطارات المصرية التي تستقبل رحلات سياحية روسية.
تداعيات سياسية واقتصادية كثيرة ترتبت على حادثة الطائرة بين تكثيف روسيا غاراتها الجوية في سورية وتوظيفها طيرانها الاستراتيجي لأول مرة، وغياب السياح الروس عن المنتجعات المصرية لعامين كاملين، ناهيك عن تعثر شركة "كوغاليم آفيا" وشركة السياحة "بريسكو" المستأجرة للطائرة المنكوبة، وسط استمرار السياح الروس في البحث عن وجهة شتوية بديلة لمصر.