وقد انسحبت هيئة دفاعه اعتراضا على هيئة المحكمة التي تنظر القضية، ووصفتها بأنها "مسيسة" ولديها عقيدة مسبقة ضد المعتقلين السياسيين.
كانت نيابة أمن الدولة العليا "طوارئ" قد ادّعت في تحقيقاتها أن عبد المنعم أبو الفتوح قام بنشر وإذاعة أخبار كاذبة من شأنها الإضرار بالمصالح القومية لمصر، وتولّي قيادة بجماعة أنشئت على خلاف أحكام القانون، الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنْع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين، والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، وشرعية الخروج على الحاكم، وتغيير نظام الحكم بالقوة، والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه للخطر.
وسبق لأجهزة الأمن بوزارة الداخلية أن اعتقلت أبو الفتوح وعددًا آخر من حزبه، في ضوء إذن قضائي صادر بهذا الشأن من نيابة أمن الدولة العليا، التي كانت قد تسلمت تحريات أجراها قطاع الأمن الوطني "أمن الدولة"، تدّعي تخطيطهم لاعتداءات مسلحة على منشآت الدولة ومؤسساتها، على نحو من شأنه إشاعة الفوضى في البلاد؛ الأمر الذي يستوجب التحقيق معهم بمعرفة النيابة.
يشار إلى أن محكمة جنايات القاهرة، برئاسة المستشار مصطفى محمود عبد الغفار، كانت قد أصدرت، في وقت سابق، قرارًا بإدراج أبو الفتوح و15 آخرين في قوائم الإرهابيين، بناءً على الطلب المقدم بهذا الشأن من النائب العام إلى المحكمة، إلى جانب إصدار النائب العام قرارًا بالتحفظ على أموال هؤلاء المعتقلين جميعًا، وعلى رأسهم أبو الفتوح.