واتهم المرزوق حركات "الإسلام المسلح الجهادي"، بالمشاركة في المسؤولية عن مقتل مئات الآلاف من الناس، إلى جانب النظم الاستبدادية في دول الربيع العربي، لكنه ميز في معرض شرحه لظاهرة الإسلام السياسي المعاصر، بين هذه الحركات، وحركات المقاومة التي مرجعيتها الإسلام، كحركة حماس في فلسطين، وحزب الله في لبنان، قبل تورطه في الحرب في سورية ووقوفه إلى جانب النظام السوري.
وأضاف المرزوقي في محاضرة نظمها (مركز حرمون للدراسات المعاصرة مساء أمس الإثنين في الدوحة تحت عنوان "كيف نفهم ظاهرة الإسلام السياسي اليوم"، أن هذه التنظيمات لعبت دوراً كبيراً في تثبيت الاستبداد، وأنها ضربت مصالح المسلمين في العالم أجمع، من خلال عملياتها المسلحة التي ضربت الديمقراطية في عقر دارها، مما دفع الحكومات الغربية إلى إصدار قوانين للتضييق على الحريات العامة داخل المجتمعات الغربية.
وعرض المرزوقي بشكل سريع لتجربته كزعيم حزب ورئيس سابق لتونس، مع حركة النهضة وتحالفه معها، وقال إن الطلاق معها وقع بسبب، تحالف الحركة مع ما سماه "الثورة المضادة، "النظام القديم".
وأوضح أن مبرر الحركة لهذا التحالف الخشية من وقوع حرب أهلية في تونس، وهو الخيار الذي قال عنه المرزوقي بأنه كان مستحيلاً لتجانس وتعاضد المجتمع التونسي، وعدم وجود طوائف أو عرقيات به.
واتهم المرزوقي حركات الإسلام السياسي التي أوصلتها الشعوب إلى سدة الحكم، بأنها تخلت عن رأسمالها "الأخلاق"، بعد تحالفاتها السياسية، وقال إن ما كان يدفع الناس للقبول والترحيب بحركات الإسلام السياسي، قدرتها على طرح البديل الأخلاقي.
وأضاف في معرض رده على سؤال طرحه بالمحاضرة، ماذا حققت حركات الإسلام السياسي،" الأعمال ليست بالنوايا بل بالنتائج".