يقع المتحف الحالي بالمبنى المعروف بالبرج والذي تم تشييده سنة 1886، ليكون مكتباً حدودياً بين تونس والجزائر، وتبلغ مساحته 176 متراً مربعاً ويتكوّن من قاعتي عرض داخلهما المجموعة الأثرية التي تمثّل الفترات الرومانية والبيزنطية والإسلامية
يضم المتحف اثني عشر نقشاً وقطعة تعود إلى العصرين الوثني والمسيحي، منها ثلاث لوحات فيسيفسائية جزائرية منقوشة على الحجارة الكلسية، هي نصب نُحت عليه رجل وإمرأة وتمثال جنائزي كبير من الرخام لـ إينولا كرابريا، ومزمار من العظام الحيوانية، ومصاغ من البرونز، وآنية لحفظ السوائل، ومطحنة حبوب مع مكوّناتها، وثلاث نوافذ وإفريز، ولوحة فسيفسائية تحتوي مشاهد ميثولوجية تجسدّ أوليس وعرائس البحر، وتمثال صغيرة من الرخام للإلهة فينوس، وإبريقين.
إلى جانب لوحة تضمّ جدولاً لتقويم زمني حسب أشهر السنة يعتمد لتحديد أوقات الصلامة اليومية، ونقش يخلّد إنشاء جسر لجيوش الفيلق الثالث الروماني عام 123 م، وعلامة ميلية عُثر عليها بالقرب من الطريق الرومانية بين أميدرة وتفاست، وتمثال من الرخام لمصارع حيوانات وحشية، وصورة فوتوغرافية لفسيفساء أميدرة تضمّ جزر ومدن حوض المتوسط، ومجسم لكنسية الشهداء (كنديديوس).
تحتوي مدينة حيدرة على معابد وكنائس وحصون وقلاع ومقابر وأقواس وأضرحة ضخمة، ولا يزال يوجد في أحد مواقعها مدينة رومانیة متكاملة كانت تسمّى قديماً أميدرة، وشكّلت قاعدة عسكرية أساسية في الشمال الأفريقي أثناء حكم الإمبراطور أغسطس (63 ق. م - 14م)، لكن تراجعت مكانة هذه الحاضرة بعد نقل القاعدة إلى مدينة تبسة الجزائرية في القرن الأول بعد الميلاد.
تتضمّن الآثار التي تقع بين مقام بن إبراهيم وسكة الحديد وصولاً إلى وادي حيدرة، عدداً من الأديرة القديمة منها: كنيسة ميليوس، وكنيسة الشهداء، وكنيسة الوندال، وكنيسة الحصن، وكنيسة خارج الحصن، وقوس النصر، والمسرح، والمعبد، والحصن البيزنطي، والحمامات، إلى جانب عدد من الأضرحة والقبور.